注射青霉素后患者有可能会出现以下副作用，包括过敏反应，青霉素的过敏反应较常见，包括荨麻疹等各类皮疹、白细胞减少、间质性肾炎、哮喘发作等，以及血清病型反应、过敏性休克偶见，一旦发生必须就地抢救。注射青霉素后还有可能会引起毒性反应，比较少见。静脉滴注大剂量青霉素或鞘内给药时，可因脑脊液药物浓度过高导致抽搐、肌肉阵挛、昏迷，以及严重精神症状等，如青霉素脑病，这种反应多见于婴儿、老年人和肾功能不全患者。

　　用青霉素治疗梅毒、钩端螺旋体等疾病时，可由于病原体死亡导致症状加剧，称为赫氏反应。建议梅毒患者治疗后梅毒病灶消失过快，而组织修补相对较慢，或病灶部位纤维组织收缩，妨碍器官功能所致。注射青霉素后还有可能出现二重感染，可出现耐青霉素金葡菌、革兰阴性杆菌或念珠菌等二重感染，应用大剂量青霉素，可因摄入大量钠盐而导致心力衰竭。